
La iglesia de San Martín y Santa Agueda de Vegacerneja esta emplazada en la parte alta del pueblo, al lado de arriba de la carretera Sahagún - Las Arriondas a su paso por el valle de las Regueras, a primera vista llama la atención el hecho de que tenga su espadaña, con su campanario, fuera de lo que es la planta de la iglesia.
Pero hay más cosas llamativas en este templo, su propia historia, sus murales, su atrio etc. El templo es una magnífica reseña de la arquitectura popular del siglo XVI. Dada la lejanía de la población del anterior centro de culto y bajo mandato del obispo de León San Millán, se acometen las obras de construcción de esta nueva iglesia en el año 1570 con un coste de 34.000 maravedíes, obras que son finalizadas tres años después por el párroco don Florán ó Froilán Gutiérrez de Pedrosa, aunque el remate lo pone el traslado de la pila bautismal desde la antigua iglesia de San Martín en 1575; este sacerdote, además de ser arcipreste de Burón, fue el regidor de la misma en el periodo comprendido entre los años 1567- 1610.
Años más tarde, en 1588, fue ampliada por este mismo sacerdote, construyéndose su propia capilla de enterramiento, momento en el que se realizaron las pinturas murales que adornan el presbiterio de la nave. Don Froilán está enterrado en su capilla bajo su escudo de armas y un mural con la inscripción: " Fundó esta capilla don Florán de Pedrosa, comisario del Santo Oficio, arcipreste de Baldeburón, cura que fue de este lugar".
La iglesia es de una sola nave con bóveda de cañón en el presbiterio y armazón de maderamen en el resto de la nave. Muestra un retablo y un sagrario de estilo barroco, obra de Francisco Carrancejas escultor leones del XVI que dejo varias de sus obras por los pueblos de alrededor; en el retablo destacan cuatro buenas imágenes: un San Froilán de tipo renacentista, un Angel de la guarda, una imagen de Santa Agueda del barroco y la Virgen del Rosario de estilo gótico del siglo XV. Fuera del retablo también cuenta con una talla de San Pedro ataviado de Papa y policromado en tonos rojos y verdes.
Cuenta la iglesia con un llamativo atrio en su entrada lateral, tiene el suelo empedrado con un muro de piedra que se levanta a más de media altura sobre el que descansan los postes que sostienen un amplio tejado, los postes están unidos entre sí por una celosía de madera llamativamente orneada.
Una última labor de reparación, tanto en el interior como en el exterior, se ha llevado a cabo gracias al Ministerio de Fomento entre los años 1995-1999, en el desempeño de estos trabajos se han descubierto y limpiado las llamativas pinturas murales efectuadas en 1588 por el párroco don Froilán y que en la actualidad podemos volver a observar en este bonito templo.